截至2017年6月底，全國地表水343個不達標的控制單元中，325個編制實施了達標方案，占94.8%，涉及重點工程7937個，投資 6674億元；18個控制單元尚未完成方案編制公開，主要分布在廣東、河北、陜西、四川、甘肅。全國完成飲用水水源綜合整治項目2203個，水生態保護項目639個，地下水污染防治項目85個，河口海灣污染防治項目43個。
全國地級及以上城市2100個黑臭水體中，完成整治工程的有927個，占44.1%；河北、山西、遼寧、安徽4省的城市黑臭水體尚未開工整治比例超過30%。重點城市（直轄市、省會城市、計劃單列市）681個黑臭水體中，完成整治工程的有348個，占51.1%；濟南、青島2個城市有3個黑臭水體整治項目尚未開工。
在工業污染防治方面，造紙、鋼鐵、印染、制藥、制革、氮肥六個行業已完成清潔化改造企業1762家，完成率達84.6%，廣東、安徽、四川、山東、湖南、遼寧等6個省未完成企業相對較多。省級及以上工業集聚區1968家已建成集中污水處理設施，1746家已設置在線監測裝置，完成率分別達到80.6%、71.5%，云南、甘肅、新疆、青海等4個省（區）完成率低于50%。全國累計完成7.5萬個地下油罐更新為雙層罐或設置防滲池，湖南、廣西、上海、西藏、江蘇、內蒙古、浙江、天津等省（區、市）地下油罐更新改造工作相對滯后。
在城鎮生活污染防治方面，全國新（改、擴）建污水處理設施809個，其中敏感區域（重點湖泊、重點水庫、近岸海域匯水區域）內173個城鎮污水處理設施提標改造達到一級A排放標準。新建污水管網17萬公里，新建再生水處理能力300萬噸/日。天津、江西、內蒙古、廣西、新疆、湖北、廣東等省（區、市）工作相對滯后。
在農業農村污染治理方面，全國累計劃定畜禽養殖禁養區4.9萬個，面積63.6萬平方公里，累計關閉或搬遷禁養區內畜禽養殖場（小區）21.3萬個，山西、吉林、黑龍江、湖南、廣西、海南、西藏、貴州、云南、陜西、甘肅、青海、寧夏、新疆等14個省（區）未完成畜禽養殖禁養區劃定且關閉搬遷工作進展緩慢。2017年農村環境綜合整治目標為2.8萬個建制村，已開工建設2萬個（建成8509個），青海、吉林、天津、廣西等4個省（區）工作滯后。
